Precisamente en eso de ponerlo en la raiz de la SD está el tema.
Bannerbomb ejecuta el boot.dol de la raiz, con lo cual ejecutaras WadManager, una vez restituido el IOS34 vuelve a poner el boot.dol original en la raiz y te saldrá con Bannerbomb el instalador del HBC
Una solución es renombrar el que tienes ahora, no borrarlo, le pones boot2.elf y lo ignorará ejecutando el boot.dol del Wadmanager, después borras el boot.dol y vuelves a ponerle su nombre original