Me parece que el PS2mediaplayer tiene un pequeño navegador para la memory card, creo recordar que se llamaba "memory card browser". Ejecuta la opcion "ps2mediaplayer" y una vez dentro con la opcion "memory card browser" podrás borrar lo que no quieras.
Claro está que el ps2mediaplayer no lo podrás borrar.
Por cierto, la aplicación cogswaploader sirve para cargar juegos desde el lector de la ps2 mediante "cogswap".
Saludos.