A ver , yo me he pillado el M3 hace poco y estaba en la misma situación que tú.
Por partes :
1- Puedes elegir CF o SD... el CF usa Compact Flash.
Para que te hagas una idea, las tarjetas CF son más grandes que las SD (ver foto)
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Dentro de las SD tenemos SD, mini SD y micro SD (de derecha a izquierda) (ver foto)
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Entonces, si no me equivoco, hay M3 para CF, M3 para SD, M3 para MINISD y en breve M3 para MICROSD.
Lo malo del M3 CF y el M3 SD es que sobresale bastante de la DS (sobre todo de la Lite)
Yo me he pillado la M3 Perfect Mini SD y estoy la mar de contento.
2- A parte del M3, deberias pillarte una Superkey o una Passcard, que basicamente son lo mismo. Se meten en la ranura de la NDS (no sobresalen nada) y el M3 en la ranura de la GBA, y ya te funcionaria.
Además, deberias tener un lector de tarjetas en tu pc para poder pasar datos de tu pc a la tarjeta (el lector que lea CF o SD, dependendo del modelo que elijas de M3, aunque hay lectores que tienen para ambos... la MINISD y la MICROSD se pueden usar con un adaptador que suelen incluir para que tengan la forma de una SD)
3- Lo bueno que tiene el usar tarjetas es que si quieres ahora te puedes comprar una de 256MB y más adelante otra, aunque yo te recomiendo pillar minimo una de 512MB (la que yo compré es de 1GB). Depende de ti y de tu presupuesto.
De todos modos si andas mal de presupuesto, quizás deberias mirar la Supercard, que es más barata y quizás para lo que tu quieres te valga.
Saludos !!!