Buenas, si seguiste ese tutorial que salio hace poco para el a9lh en old 3ds, debes tener ya inyectada la emunand en la sysnand, asi que no sera necesario que tu tengas una emunand en la SD, si lo que querias era tener sysnand y emunand por aparte, debiste seguir otros pasos cuando ya habias extraido el otp, aunque creo que ahora podrias tener una emunand y sysnand, pero creo que tendrias que usar una forma inversa a lo de inyeccion de emunand en sysnand. Saludos
PD: es normal que tu 3DS no encienda sin la SD.