Hazlo, copia la carpeta resultante con todos los archivos (que itunes te habrá organizado), eliminalo desde itunes y vuelve a introducirlo arrastrando la carpeta a itunes.
A mi me pasa ordenando muchos discos, que igual cambias el nombre del album y aunque tengan el mismo nombre, te muestra 2 albumes separados, p. ej uno con la pista... 2 y otro con las restantes. Y haciendo eso se soluciona.