ProjectX que menciona el compañero seguramente sea el que pudiese hacer el mejor trabajo ya que es especialmente para temas de contenido mpeg.
De todas formas avidemux tambien debería poder copiar tanto vídeo como audio a un mpg si se lo indicas correctamente.
Handbrake es más para pasar vídeos en general y dvdvideo a mkv o mp4, que recuerde no tiene opciones de mpg.
