El substance trae más modos de juegos, como las VR missions (simulacros de misiones en realidad virtual, un modo que ya aparecia en el primer Metal Gear Solid), Snake Tales (nuevas misiones paralelas a la historia del juego), Skating (modo de juego que hace homenaje a los juegos de Tony Hawk, en el que manejas a Snake en un monopatín), la posibilidad de jugar las misiones de Raiden con Snake y viceversa, además de alguna cosa más que no me acuerdo.
El disco de extras que llevaba en la edición anterior no aporta mucho, solo diseños del juego, algún entrevista (escrita no en video), documentos sobre el juego y poco más, eso si en perfecto ingles (al menos el mio sale completamente en ingles).