Si te ofrece la posibilidad de usarlo con dkms, no mientras no deje de funcionarte, piensa que si cambias el kernel y no se compila el módulo, éste no existirá cuando vaya a cargarlo y posiblemente te quedes sin entorno gráfico.
El run de la página de nvidia hace lo mismo que si instalas el que tenga Arch o el que esté en Aur, compila el módulo. La diferencia puede estar, en tus apreciaciones, que para que compile correctamente en Debian tenías que instalar algunos paquetes -dev (cosa que no es necesaria en Arch) y las headers del kernel que estés usando. Pero vamos, que eso imagino que te lo podrá explicar mejor un usuario de Arch.