Que usen Upstart lo veo razonable.
Lo de gnome, según entendido, es por que te instalará también todas las recomendaciones y no solo las dependencias, lo que hará que tengas miles de paquetes más. Supongo que se podría configurar para que solo te instalase las dependencias y después cada uno que añada las recomendaciones que crea oportunas.
En Synaptic, por ejemplo, por defecto te instala todas las recomendaciones cada vez que vas a instalar un paquete, aunque tiene la opción de desactivar dicha opción.