Buenas, despues de leerme todo el hilo, y un poco por otro lugares de internet, he llegado a la conclusion que tiene algo que ver el hecho de que sea un MS28.
La razon supongo que debe tener relacion con el tema de los 10 segundos a la hora de flashearlo.
Fijaros, que si un lector MS28 esta fleasheado, automaticamente pasa a ser un MS25, y podria estar ahi el problema.
Un MS28, con firm original sigue siendo un MS28, pero con el firmware cambiado es un MS25.
No se si en ese lector, dado los cambios realizados a la hora de flashearlos, es posible detecten algun tipo de incompatibilidad entre el firm cambiado y el original.
Otra cosa algo curiosa, es que en las versiones ultimas del firmware 4.2, el lector tiene proteccion firmguard, por lo que podria ser el problema del susodicho error.
Un saludo.