A ver:
1- Lo de la facción. No importa el personaje que cojas, puedes ser de cualquier facción con cualquier personaje. Cada semana se darán recompensas a la facción que gane, con lo cual es interesante meterse en la que haya más pros jugando o más peña. Una vez a la semana se realizará una invasión por un Reino (que no facción) y habrá que luchar contra él (Earthrealm, Netherworld, Edenia, Outworld, Order, Chaos)
2- Respecto a la historia. Así resumida rápida. Los eventos de MK1, MK2, MK3, MK4, MK5 DeadlyAlliance y MK6 Deception condujeron la historia hacia MK 8 Armageddon, en la cual todos los héroes mueren, justo antes de que muera Raiden se envía un mensaje telepático a sí mismo al raiden de MK2 avisando de que si siguen por ese camino acabarán todos muertos. A partir de este momento la historia desde MK2 en adelante no existe puesto que es alterada por Raiden, asi que no hay ni personajes muertos anteriormente ni trama que debas saber. El MK9 va de esta alteración de sucesos abarca hasta lo que sería MK3 en la nueva linea termporal. Este MKX ocurre 25 años en el futuro en la NUEVA línea temporal, osea que no hay que saber nada. Obviamente si conoces la línea temporal antigua tiene muchos guiños y detalles. Digamos que MKX sería como un MK4 alternativo.