Haber, el legit.exe se usa como referencia para verificar si algún bichejo intercambiado es legal o no, o si creando uno de cero o retocándolo lo estás haciendo bien.
Lo que hace es aplicar la ecuación del PID, comparar los (varios) resultados con los datos del .pkm (origen, IV, etc) y con las tablas de cada especie (no se genera PID de la misma manera un Magikarp pescado que don Mewtwo). Si cuadran dentro de un margen, lo da por bueno. Igualmente como dice incluso el propio autor del programa, anda MUY lejos de ser 100% fiable.
Los follones de trash bytes es ignorable, pues esos bytes corresponden a "basura" que se arrastra cuando se transfiere un poké de GenIII a GenIV. Aparte, si mal no recuerdo los trash bytes en los huevos son un santo follón, así que mejor esperar a que eclosionen
. Y como bien ha comentado cloud_strife8, incluso algunos ejemplares que te dan dentro del juego te los puede pasar por malos, simplemente porque no está documentado o usa algún método obscuro.
Siento el tostón si ha sido un tanto técnico, pero prefiero explicar (hasta donde llego) cómo va el programa, pues hubo una temporada que salía humo de él