Lanzado como protosecuela del original. Los protagonistas son Rebecca Chambers, una médico del equipo Bravo enviada a investigar unas extrañas muertes en las afueras de Raccoon City, y Billy Coen, un convicto prófugo. En este conocerán al Dr. James Marcus descubridor del virus progenitor junto con el Dr. Edward Ashford y del T-virus asesinado por William BirKin y Albert Wesker ordenados por Ozwell E. Spencer (Jefe de Umbrella) quien ahora resucitado por las sanguijuelas infectadas de T-virus ahora buscara venganza.
Extrañas muertes han estado ocurriendo en las montañas cercanas a Raccoon City (montañas Arkley), y el equipo Bravo de S.T.A.R.S. (Special Tactics And Rescue Service) es enviado a investigar los sucesos. Después de perder el contacto con ellos se decide enviar al equipo Alpha para averiguar que había ocurrido con el equipo anterior. Al llegar al lugar, y descender de su helicóptero para revisar una extraña humareda, son atacados por una jauría de perros. Uno de sus compañeros (Joseph Frost) muere en el lugar. Dadas las circunstancias el piloto del helicóptero, Brad Vickers, huye en éste, mientras los otros (Albert Wesker, Jill Valentine, Chris Redfield y Barry Burton), corren a refugiarse a una mansión cercana, donde deberán averiguar que ha sucedido en ese macabro lugar.Pronto sabran que le paso al equipo Alpha y quien es verdaderamente Albert Wesker y Umbrella.
Aquí aparecen tres nuevos personajes, Leon S. Kennedy,Claire Redfield y Ada Wong, cada uno con su propia historia: Leon un policía novato asignado al R.P.D. (Raccoon Police Department), Claire en busca de su hermano Chris Redfield y Ada misteriosa mujer que esconde algo. Lo que no saben es que llegaron a Raccoon en un mal momento la ciudad esta totalmente devastada y infestada de Zombies. Seran victimas de la locura de William Birkin quien se autoinyecto su propia creacion el G-virus justo antes de morir victima por las fuerzas especiales de Umbrella quien ahora desesperadamente busca a su hija Sherry quien tiene la ultima muestra del G-Virus.
La protagonista es Jill Valentine, quien después de escapar de la mansión Spencer (en Resident Evil 1 ) intenta salir de Raccoon City para unirse a Chris y a los otros miembros de S.T.A.R.S. que han ido a Europa, pero para ello, ha de sobrevivir al caos en que se encuentra sumida la ciudad y por si no fuera poco se enfrenta a una nueva arma de la Umbrella: Némesis. Jill conocerá a Carlos Oliveira, un mercenario de Umbrella que la ayudará en momentos críticos.
Claire va a Europa en busca de su hermano desaparecido (Chris Redfield) y termina secuestrada en una isla carcel de Umbrella. Conocera a Steve Burnside un muchacho que estuvo recluido ahi tambien y tendran que hacer frente a los desquiciados hermanos Ashford. Cuando todo estaba perdido Chris aparecera en escena pero no contaran con la presencia de Albert Wesker del que se creia muerto en los eventos de la mansion.
Leon Scott Kennedy (protagonista de RE2 con Claire), ya alejado de sus tiempos de policía, trabaja ahora para una agencia de investigaciones de los EE.UU. Él debe ir a rescatar a la hija del presidente, secuestrada por una extraña secta, «Los Iluminados», y llevada a un pueblo español llamado El pueblo. Los enemigos del juego son personas vivas afectadas por un parásito que controla el cuerpo del portador llamado «Las Plagas» (un parásito nuevo en la saga, sin relación alguna con el Virus-T, cuyo efecto anula la voluntad del infectado. Asi Leon con sus capacidades para el combate bastante mejoradas desde la ultima entrega debera hacer frente a Lord Saddler lider de los Iluminados y se encontrara con Ada Wong (Resident Evil 2) supuestamente muerta ahora trabajando para Albert Wesker.
En este capitulo resumen de la saga narra la caida de la corporación Umbrella, aclara todo lo que no explico en juegos anteriores ( Ø , 1 y 3) y se añaden un capitulo nuevo donde Crhis y Jill parten hacia Rusia para provocar la caida de Umbrella , todo esto sucede antes que el Resident Evil 4.