Confirmado, al final he cambiado a una SD de 4Gb y me va perfectamente
Eso si, hay que hacer todo el tinglado:
Extraer de la SD vieja la emunand con el emuNandTool y hacer copia de seguridad de todos los archivos que había dentro.
Insertar la nueva tarjeta (con el Launcher.dat metido) en la 3DS y cargar el menú de gateway (Pulsando L)
Formatear nuevamente una emuNand
Una vez creada tienes que ir al PC otra vez e inyectar, en la nueva SD, la emuNand que habías extraído antes y al acabar volver a copiar todos los archivos que tuvieses, de la SD antigua a la nueva.
Y listo, funciona a la perfección.