En la descarga, desde la página de gateway, viene explicado. Lo que pone r4 a la r4 (o similar), lo que pone SD a la SD grande de la 3ds,
Instalas el exploid desde la r4 (el .nds que has copiado), lo ejecutas (ajustes y tal) y sale un menú desde el copias la nand. La puedes copiar al PC.
Después usas la opción de instalar la nand (estoy hablando de memoria). Cuando está instalado tienes la SD con la mitad de espacio, pero que te sirve para juegos nuevos sin perder los backups ds.
IMPORTANTE. En la nand emulada crea una carpeta y la colocas al lado del cargador de juegos, y así está claro en que versión estás, para no actualizar la real.