A ver, la versión de la tarjeta no tiene que ver con la de la consola, yo no he actualizado ni una vez la tarjeta (lleva el último firmware, claro) y he pasado de 10.7 a 11.3 a lo largo de este último año, siempre funcionando, porque es compatible, sin tener que esperar a que cambien nada.
La Sky3ds+ funciona en 11.3 exactamente igual que en 11.2, sin hacer nada, ni cambiar nada, como siempre, es exactamente igual.
De hecho acaban de poner esto en la web oficial:
It's confirmed! sky3DS/sky3DS+ can support the newest 3DS V11.3.0-36 (02/07/2017)
Así que tranquilos, que podéis seguir usándola como siempre en 11.3.
Aunque si no tenéis CFW no os recomendaría actualizar, porque si lo hacéis estaréis jodidos, pero eso ya es cosa vuestra claro.