La pregunta es ¿tienes el firmware original o lo alcanzaste a extraer? ahora ¿qué placa base tienes? ¿ya se quedo definitivamente en modo b?.
Ya me paso algo similar lo que tienes que hacer es que la placa te reconosca el lector y para esto te tienes que meter al setup (bios) y dar de alta tu lector como si fuera un samsung (si ya lo se parece absurdo pero a mi me funcionó) despues si ya no te marca el lector como si estuviera en modo b arrancas con el slax si no te reconece con el 2.0 intenta el 2.1.
Ahora si, si ya tienes tú lector en modo b y ya te lo reconoció windows ya puedes flashearlo. Siempre y cuando el lector no se haya convertido en un ladrillo que en muy pocos casos sucede esto y si tienes el firmware original sólo tienes que seguir los pasos a paritir de que abre el firmware desde file.
Si tienes el archivo y lo abres le das en tools y smart hack patcher, les das el nombre de xtreme con eso basta, das un click a generate file. Una vez generado el archivo cliqueas en direct drive flash arrastras hasta differencial flash le picas y le pones que te reconosca las diferencias, una vez que te reconoció las diferencias, le das a flash y listo no debes tener ningún problema.