Hola,
A los Marios puedes jugar renombrando la rom con un nombre de 8 letras a lo maximo . Por ejemplo 'smb2.gba'.
Y el gbata es sencillisimo. Seleccionas la pestaña 'sram patcher', en 'file name' buscas la rom, y en 'save as' metes el nombre que quieras para la rom parcheada, con ruta incluida, y a correr. Yo solo he necesitado parchear el Advanced Wars.
Espero que te funcione.
Un saludo.