estas seguro que ha sido por el cambio de bios?
con el paso del tiempo, la lente de la gamecube se va estropeando poco a poco. es posible que el error del wind waker no sea por culpa del cambio de bios, si no que sea un dvd de calidad mediana y antes la cube lo leyera bien pero ya no.
como bien te han dicho, prueba a grabarlo en un dvd de buena calidad, tipo ritek g04 o tyg02 de verbatim tb he oido bien de ellos
te digo todo esto pq es raro que un juego deje de funcionarte al pasar a una bios teoricamente mas compatible