Lo más sencillo para mi es arrancar con un livecd, montar el disco/particiones que se quieran y hacer un tar.gz de todo a saco (bueno, suelo splitear por ficheros de 4GB). Para restaurar descomprimes en una partición y, eso sí, tendrás que restaurar el grub a manija, pero no es complicado. De hecho si restauras en el mismo disco/partición no lo tendrías que hacer.
De todas maneras esto no es Windows, el sistema no tiene por qué ir más lento simplemente por que pase el tiempo en absoluto...
