Los tipos de formatos que puedes enviar, con igual calidad, por HDMI y por óptico son: PCM estéreo, Dolby y DTS.
Los tipos de formato que solo puedes pasar por HDMI son:
versión 1.1: PCM multicanal, DSD estéreo(formato de los SACD)
versión 1.2: PCM multicanal, DSD estéreo y multicanal (formato de los SACD)
versión 1.3: Los anteriores mas DTS-MA y Dolby True-HD.
Fuente: Lucky, moderador de forodvd.com
Lo que te viene a decir el gran Lucky es que la diferencia está en la transmisón de datos codificados que requieren de un mayor ancho de banda.
En resumidas cuentas si lo que vas a conectar es por ejemplo un reproductor a un AV para escuchar música en estereo procedente de un CD (PCM) o las pistas de audio comprimido de un DVD (DTS y/o Dolby Digital) da exactamente lo mismo el cable digital óptico (o coaxial) que cualquier versión de HDMI hasta la 1.3..
No se trata de que pierdas o ganes información, se trata de que por esa "tubería" pueden circular según que datos y formatos, los que te ha indicado Lucky de manera exacta y que corresponden a cada versión de HDMI.
Fuente: curtis, usuario de forodvd.com
Saludos y espero que esto te sirva para resolver las dudas ^^