No afecta en nada, es más, si tienes el lector tocado, es recomendable hacer copias de tus juegos y tenerlos a respaldo.
Para cargar juegos de GC necesitas usar cMios o informarte de la util de crediar (que anda muy verde aún)
La información que te aparece en el diario si usas cualquier cargador es la misma que si usaras el original, la mayoría de cargadores usb "emulan" a un lector real, la consola no sabe si está leyendo de un disco duro o del lector, tanto es así que si quitas el lector no funcionan.
P.D.: Si, está contestado muchas veces.... pero podrías aprovechar las contestaciones que das para, por lo menos, aportar algo y no solo para recordar las normas a los demás (piensa positivo, nunca negativo).