Si yo tuviera que escoger , escogería antes VirtualBOX, pero básicamente porqué es multiplataforma, lo puedes instalar en muchos sistemas operativos y más fácil de configurar (a mi entender) y no necesitas tener una versión exclusiva de Windows para tener HYPER-V (disponible en Windows Pro, Enterprise, Server)
Aunque también miraría el VMWARE WORKSTATION PRO que ahora ha salido también gratis.
En tema rendimiento, el Hyper-V creo que es más rápido y aprovecha más la integración del hardware con la máquina virtual, y para empresas es mejor (a no ser que uses PROXMOX o VMware ESXi.
