Es que eso se soluciona en vez de decirle al eclipse que pille y haga su "Makefile expecial" para compilar todo, teniendo un Makefile tuyo propio y sin añadir el holamundo2.c para que se ignore al construir.
Lo que pasa que te estoy contestando desde el curro y no tengo el eclipse con los plugins de C/C+ y no te puedo decir ahora mismo como se engancha el Makefile tuyo al proyecto de eclipse.