Yo por si te sirve, tengo un fusion drive de 2TB con un mac de late2015 y no noto que me vaya tan lento como dices.
El arranque es muy rápido, y los programas habituales se abren con bastante fluidez, no tanta como un ssd puro, pero no esta nada mal.
Donde si se nota es cuando abres programas que no sueles utilizar, que están en el disco HDD. Tambien decirte que el rendimiento cae bastante si el disco esta muy lleno, yo he visto que empieza a caer si me quedan menos de 300GB libres (El fusion es de 2,1TB).
De hecho en equipos Windows igualmente el SSD vs HDD se nota sobre todo en el arranque, donde no hay color entre uno y otro, y al arrancar las aplicaciones, que depende de cual sea va mas o menos rápido. Una vez estas trabajando con ella, apenas hay diferencia entre un disco u otro, sobre todo si los datos que ocupan espacio los tienes en librerías externas o discos USB.
En tu caso yo lo que te recomiendo es que el disco intenro aunque sea fusion no lo utilices para almacenar información masivamente. Yo que edito mucho video y retoco fotografias, tengo muchisimas en discos externos, y solo guardo en el fusión lo mas reciente, ya que es más rapido trabajar con ficheros ahi que en un disco usb3.0, pero como te comento evita que se te llene mucho, intenta tenerlo en menos de un 50% de la capacidad si es posible.