Espera la respuesta de alguien más pero básicamente depende de los derechos. Por antigüedad creo que aún queda para que ningún videojuego pase a ser de dominio público, sólo están libres aquellos expresamente liberados y las condiciones impuestas sobre éstos pueden ser todo lo caprichosas que los propietarios hayan querido, pueden prescindir de todos los derechos o pueden restringir lo permitido con su obra. No sé si puede ser el caso de algún título de los que dices.
Los juegos que utilizan propiedades de otros o bien tienen permiso o bien simplemente están ahí porque nadie se ha quejado. Quizá los propietarios de los derechos no dicen nada porque están conformes con los fanworks, o quizá desconocen que se haya hecho algo, o quizá no tienen interés en quejarse por una propiedad que ya no explotan, o quizá no está claro quién debe quejarse porque los derechos están en un limbo legal y no se sabe quién los posee, etc. Sin permiso explícito no hay nada que asegure que nunca vaya a llegar una queja.
Lo de ser o no comercializado no implica nada de por sí, sólo puede ayudar a que el propietario esté más o menos conforme pero la decisión siempre será suya. Si no pides y obtienes permiso y quieres ir sobre seguro creo que lo mejor es hacer un juego inspirado en el original alejándote lo bastante de él para evitar infringir nada.