Eso pasa con Rock Band por ejemplo. Según Harmonix (los desarrolladores de Rock Band) el problema es que el fichero de las partidas guardadas es el que te permite acceder a los temas comprados y si se puede hacer copia del savedata, pues todo el mundo mundial tendría el mismo savedata con todos los temas que hayan salido (además del de cada uno para jugar, claro.)
Yo no entiendo como no separan las cosas, si tienes una cuenta de PS Store, pues esa es la que sirve para descargar los temas comprados y demás, y el savedata debería contener el progreso del juego sin más y sin protección de copia.
En fin es lo que hay. Si te peta la PS3, por mucha copia del disco duro que tengas no te servirá para restaurar las partidas protegidas, a menos que repares esa misma PS3, no sirve que te den otra.