Si llegas al cmd.... ponte en la unidad de disco del sistema (ves cambiando ya que la unidad puede no ser c:, puede ser d: e: x:)
una vez ahí, le haces un chkdsk /r /f
y esperas a que finalice todo el proceso (tardará mucho tiempo dependiendo del tamaño del disco, datos, ficheros dañados, tipologiade hardware....).
Si el disco no está dañado por hardware... el SO arrancará.
Un saludo.