Y el cable usb que estas usando, ¿está en buenas condiciones? ¿has probado con otro?
Si puedes meterle un poco de mano, te recomendaria que soldaras un condensador en la entrada de voltage del nand dumper (lo más cercano al mini usb del PCB),que sea de 4.7uF a 10uF y un voltaje de 10v o más. Si usas un condensador electrolítico te precaucion de conectar correctamente la polaridad.
A mi me pasó eso mismo con el nand dumper casero, revise soldaduras a la placa muchas veces, cambie drivers, hice de todo, hasta que me di cuenta que por alguna razón la alimentación desde el USB no estaba 100% bién, lo que hacía que la lectura tuviera fallas en ciertos lados aleatorios, y a veces se repetian los errores en los mismos bloques, hubiera pensado que eran bad blocks de no ser porque despues de poner le condensador la lectura fue 100% correcta sin mensajes de advertencia.