A veces sucede que mientras está pasando un archivo se pierde la conexion y vuelve a empezar la transferencia, pero como ya tenía una parte del archivo copiado, el Filezilla se encuentra que ese archivo ya existe y por eso te salta ese mensaje. Dile que sobreescriba y listo.
Yo es el programa que uso y al margen de ese mensajito, sin problemas.