Pues ya es raro, yo cuando instalé todo el tinglao, probe primero con un HD de 3 GB que por supuesto no funciono, pero creo que no dejaba ni formatearlo o no dejaba instalar los juegos, ya no me acuerdo, pero si se que no llegaban a aparecer juegos en la lista.
A ver si te ayuda alguien. Yo estoy usando un HD de 15 GB que me pasaron, pero al principio tenia uno de 80, un maxtor, el tipico que tienen ahora por 40 pavos en app o pcbox, e iba como la seda. Pero lo tuyo parece alguna movida rara, ya que el HD lo reconoce, y te deja instalar juegos.
Como los instalas? Prueba a formatear otra vez desde la ps2, y luego instala a ver desde la propia ps2 un juego que ocupe poco, a ver que pasa. Y si no prueba con HDL Dump o WinHiip, a ver si es problema del modo de pasarlos...
Suerte en cualquier caso.