En fins ...
El chip NEO o cualquier otro modchip de los que circulan por aquí envian una firma, que contiene las letras 'SCEE' hacia la consola.
Esta firma es la de PSX, no la de PS2 (que seguramente es unica por cada disco).
Si tu metes un CD backup de PS2, con el modchip puesto, la PS2 se cree que se trata de un disco de PSX, pasa el conrol de la makina a la CPU pequeña (es cuando se pone negra la pantalla) y esta intenta ejecutar el juego.
Como el codigo que intenta ejecutar no es ni para esa arquitectura/CPU, se cuelga ... asi de facil.
Es como cuando le metes el mismo disco a una PSone que tenga CHIP.