Para sacar los CDs primero tienes que "desmontarlos", sino, no te dejará sacarlo pulsando el botón eject.
Haciendo clic en el botón secundario del ratón, puedes elegir "desmontar" y luego pulsar eject, o directamente "expulsar", que lo desmontará y expulsará. Si te da un mensaje de error, seguro que es porque tienes una ventana o una consola abierta con los archivos del CD.