Recomiendo:
1º Instalar AVAST, de todos los que he probado es el mejor, junto a Malwarebytes ya tienes un tanque indestructible
2º Cclearn y Tuneup, mantenimineto y limpieza de sistema, yo los utilizo y el sistema nunca tiene relentizaciones ni problemas ni nada
3º Deffragler, desfragmentar el disco cada 4 o 8 meses es recomendable ya que la fragmentacion puede hacer mucha lentitud.
Un informatico (que yo tambien lo soy) sabe perfectamente cual es el mantenimiento adecuado en cada ocasion. En este caso parece ser ese el problema ya que los virus no hacen que vayan más lentos, sino que hacen que dejen de funcionar correctamente, programas que no abren, instalacion de toolbars que no quieres o obtencion de datos si es un spyware.
Restaurar el sistema no sirve de nada, ya que si el virus esta en un archivo que no se ha modificado el windows no tocara el archivo por ver que es igual, lo se por experiencia de que me ha pasado unas cuantas veces :S
Y sino formateas xD