La eterna balanza, fiabilidad vs. eficiencia.
No se qué versión de MySQL estarás usando, pero te comento que he visto bases de datos MUY (y cuando digo muy, son muy muy) grandes, y el tamaño no era lo mas importante.
Si, MySQL es más eficiente hasta cierto punto en que se cambian las cosas, MySQL empieza a hacer cosas parecidas a los 'hilos fantasmas' y PostgreSQL simplemente sigue en su línea.
Salu2.Ferdy