1-Las isos que comentas no rulan con el loader, o lo hacen muy mal. Prueba con juegos cuyo funcionamiento se haya comprobado, como mario kart DD o Animal Crossing.
2-Algunos juegos se pueden bloquear, otros diran save corrupto, otros lo leeran y otros funcionaran perfectamente. Si vas a andar con lios PAL/NTSC hay una utilidad para cambiar los saves de region.
3-El saveHack hay que usarlos en puntos MUY concretos y en juegos contados, en lugares donde el unico Stream que hay sea la musica. yo doy fe de que el savehack soluciona los saves en muchos juegos, como el genial Wario World.
4-La emulacion de la 64 en la cube es bastante pobre, los saves no van y solo funcionan juegos contados. El save va con el zelda y creo que con ninguno mas, pero no estoy seguro.
5-En teoria solo se solucionan los trompicones en juegos como Billy Hatcher, pero ten en cuenta que si la musica es lo que te impide poder grabar se podra hacer tambien con el savehack.
Sinceramente, te recomiendo no usar los programas que comentas, como el Phoenix (me gusta mas el Gamecube Server disc, pero tampoco me fio), sinceramente recomiendo a todo el mundo que lo haga a golpe de MSDOS, yo siempre sonsigo mejor resultado que con esos programas.
Nada mas, espero haber sido de ayuda.