Haber, que metas todo el el mismo directorio no creo que suponga problema siempre y cuando, como dice R064N no se sobreescriba ningun archivo, pero seria mejor que cada uno este en su propio directorio.
Si lo que quieres es que lo que son los directorios de temporales y archivos compartidos sean los mismos, solo tienes que decirle al emule en preferencias->directories los directorios de "temp" e "incoming".
Respecto a la instalacion no tienes porque recurrir al emule de instalacion el zip es perfectamente valido, lo abres y sobreescribes todos los archivos menos el "adresses.dat" si es que tienes uno configurado y el "staticserver.dat" si lo tienes tambien configurado.
Por lo demas, en cuanto pongas el emule, si le dices que sea el programa por defecto para los elinks, el edonkey no te los pillara. Si el emule no te los coge y el edonkey si, solo tienes que marcar la casilla de preferencias->general->el botoncito de bajo que pone ED2K links. Si esta activo es que el emule no coge los elinks, si esta desactivado es que los coge por defecto.
Espero haberte aclarado las dudas