El rendimiento es el mismo en backups que en originales, de hecho los backups en NSP son copias exactas de los juegos digitales de la eshop.
Posiblemente esos juegos te bajen fps por precisamente ser exigentes en el apartado técnico y no por problemas de la microSD, aunque para salir de dudas puedes probar a instalarlos en la memoria interna de la consola, que es más rápida que la microSD.