Aunque es verdad que no hay que hacer preguntas al tuntun, que para eso estan los tutos y preguntas de otra gente, tampoco hay que ser tan radical...
Los programas que quieras usar dentro del canal homebrew, tienen que estar dentro de una carpeta de la SD llamada apps.
Dentro de esa carpeta APPS tienes que crear una carpeta por cada programa que quieras y colocar el boot.dol dentro de ella.
De todas formas busca en el google que ya hay muchos packs hechos con distintos programas para el HBC y ya te vienen con imagenes y todo.
En cuanto a cargadores, yo uso el backup launcher 0.3 gamma, grabando mis backups con DVD-R y de momento sin ningun problema...
Y si, no hace falta que elimines el boot.dol de la raiz de la tarjeta SD, que es el que corresponde al HBC