Tienes que tener en cuenta algunas cosas, primero si el disco duro que vas a meterle es mas rapido y de mayor capacidad deberias ponerlo como disco duro primario (con unos jumper que hay en su parte trasera) y el antiguo disco duro como exclavo, asi Windows te ganara en velocidad.
Si haces esto tendras que formatear el Disco duro e instalar el S.O. En contra si lo unico que quieres es agregarselo manteniendo tu disco duro como primerario, solo tienes que insertarlo en un hueco libre de la faja y ponerlo como Exclavo, si no tendras conflictos entre discos duros y no te funcionara ninguno posiblemente, Y formateas el Disco duro con Particion Magig por ejemplo.
El Ata normal es mas lento que el S ATA, pero recuerda que tu placa ha de soportar S-ATA (serial Ata) o de lo contrario tu disco duro no te servira ya que lleva una faja distinta en tamaño.
Saludos