Mmmm... no se como tienen que estar parcheados con el SwapMagic.elf (no se muy bien a que te refieres), te cuento mi experiencia por si te sirve.
Yo uso el ESR9b, para que los juegos funcionen con este metodo necesito parchearlos, tb uso de vez en cuando el DVD de Swap Magic 3.6plus (que lo tenia antes de usar el ESR9b). Me di cuenta que al grabar un DVD con el parche para el ESR9b tb los podia usar para el SwapMagic...asi que no me complico lo que hago es parchearlos todos.
Lo que no se es que compatibilidades habrá para el HDLoader/USBAdvance o incluso para el futuro OpenPS2Loader (que admite juegos en LAN/USB/HDD), si alguien lo sabe podria poner su experiencia.
Salu2!!