Como piensas, no se pueden ejecutar los dos directamente, por que la consola no te lee la mente para ver cual ejecutar...
Simplemente con instalar el HDLoader.elf en una memory card con el cogswaploader, pulsando cuadrado para entrar en el MCLoader puedes cargar el HDLoader...
Más complicado de instalar son programas sucedaneos como la modificación del cogswaploader de barracuda que permite dependiendo del botón que pulses en la pantalla del cogswaploader, cargar el juego que metas por swap o bien ejecutar el HDLoader.
(Ahorrandote el paso de entrar en el MCLoader).