yo lo he hecho con varias distribuciones y con debian me funciona (con otras luego tengo problemas ya que se hace un lio con la uuid del disco no se por que, pero vamos en debian si que va, simplemente lo instalas seleccionando tu disco duro y en el paso del grub lo instalas en el externo y ya está, luego creo que te pregunta si quieres ponerlo en el mbr del disco principal y le das a no y ya esta