El problema es que no conozco los entresijos de una instalación de linux.
Ya me ha pasado que al elegir directamente el USB, me instala el grub y fstab en C. Y por ejemplo, ahora he probado a instalar la distro Apricity, y me deja seleccionar donde instalar grub, pero fstab lo instala en C sin darme opción a cambiarlo.
Tambien tengo dudas de que sistema de archivos es mas conveniente. Diria que EXT4 pero la unica distro que consegui instalar en el usb funcionaba muy lenta, y como cuando instalas en el usb para usar en modo live se utiliza FAT32, no si la lentitud se debia a que el usb era muy lento, o que el sistema de archivos no era el correcto.
Un saludo.