En principio para un PC normal no tiene gran misterio, la(s) partición(es) a seleccionar es/son las propia del pendrive. Unicamente hay que tener cuidado a la hora de instalar el gestor de arranque, para hacerlo en el propio pendrive (en distros como ubuntu se hace indicando donde instalar GRUB en uno de los últimos pasos de la instalación).
Yo tengo instalado un Linux Mint de esa manera y en principio funciona de maravilla.
Eso si... en las particularidades de hacerlo para un Mac no te puedo ayudar
Un saludo