Si vas a empezar, yo te recomiendo no deshacerte del original muy pronto, para poder volver a clonar el disco, que de todos modos no sé si podrás al ser diferentes.
Yo lo que hice para no estropear el MBR fue tener un pendrive metido e instalar en él el Grub, de modo que para arrancar el Linux debía tener el pendrive metido (y no sé si tiene que estar metido también en las actualizaciones del SO, por si actualiza grub). Pero hay distribuciones con las que no es muy intuitivo cambiar la ruta de instalación del Grub.