En la bios:
-> Primer arranque como USB
-> Segundo arranque como HDD primario
Instalas Windows (si aun no lo tienes) en el hdd primario como toda la vida. Luego te coges cualquier distro (ubuntu, fedora, arch, opensuse, mageia...etc) y la instalas en el disco usb PERO OJO!! asegurándote que el GRUB te lo instala en el hdd EXTERNO, ya que es muy posible que te lo instale "de serie" en el interno. Y ya esta.
Si no tienes el hdd externo te cargara windows como siempre, y si tienes el usb pinchado te saltará el grub con posibilidad de arrancar la distro o windows (interno)