Hombre, instalar GRUB en el mbr de un disco no tiene ningún peligro, con el selector de arranque de GRUB podrás arrancar cualquier SO que tengas instalado.
Si haces lo de cambiar discos, yo creo que no te petará, pero tendrás que cambiar la configuración de arranque cada vez que quieras usar uno u otro SO, es mas fácil usar el menú de grub y seleccionar qué SO quieres cada vez que arranques, la verdad.
El arranque de XP lo puedes restaurar desde la consola de recuperación del CD de instalación en cualquier momento, y a una mala, siempre puedes instalar XP como maestro primario, ponerlo de secundario e instalar Linux en el que pongas como maestro primario. Así tendrás GRUB con el selector, y además el arranque normal de win en el MBR del otro disco.
Vamos, te recomiendo que dejes a GRUB hacer su trabajo, es muy bueno en lo suyo, y te olvides de andar haciendo malabarismos con los HDs.
Los errores probablemente vengan por andar haciendo cambios raros en las configuraciones de disco, tú déjalo fluir.