Lo mejor que puedes hacer es instalarte varios loaders (por no decir, todos los que te han comentado). Te instalas los CIOS que necesites y cuando el loader, que uses con mas frecuencia, no sea capaz de ir con un juego, pruebas a hacerlo funcionar con otro. Total, son solo unos pocos megas de mas en la SD, y tendras una mayor versatilidad.
Ademas, despues de haberlos probado, podras elegir el que mas te guste como loader habitual.
No es cuestion de cual es mejor o peor, es cuestion de si se adaptan a tus necesidades y juegos (y no todos tenemos los mismos juegos ni gustos)
Hay pequeñas excepciones que solo van bien con un determinado loader, pero por lo general, todos tienen gran compatibilidad.
Yo con los Guitar Hero, Rock Band y sus instrumentos voy de perlas con el WiiFlow, por ejemplo.
Un saludo.