Buenas mirate el E2B (Easy to boot)
Cuando te descargues el sw, te va a formatear el pendrive y una vez listo tendrás en el pendrive una estructura de carpetas, tales como sistemas operativos, backups y cosas así, también te va a crear automaticamente los archivos de arranque.
En esas carpetas solo tienes que depositar las imagenes ISO de lo quieras bootear.